击杀强力使徒雷天使后，NERV暂时失去了三号机。由于在战斗中全身装甲损坏，身体肌肉组织大面积碳化，其维修工作异常复杂，并且耗资惊人。
而且似乎某人不希望三号机那么快就维修好，所以维修进度出奇的慢。
以至于过去了三个月，三号机也才完成百分之五十的修理工作，要想让三号机重新登上战场，至少还要再花费三个月时间才有可能。
这让葛城美里少校这段时间压力倍增。失去了最强大的三号机，只依靠零号机，初号机和二号机，很多战斗都险象环生。
虽然数次催促碇司令赶紧展开对三号机的维修，但是碇司令每次都是以预算超标为由，将葛城美里打了回去！
但其实葛城美里哪里知道，上次的战斗，碇司令连老底都快被云启榨干了。
现在的他手上只剩下那么几个底牌还没有让云启知道，余下的东西早已经被云启全部消化吸收。所以他对云启越来越忌惮，但是偏偏拿这个神秘的人物没有任何办法。
根据MAGI中央电脑的评估，要想干掉这个神秘的适格者，最少需要出动一个加强装甲师，或者派出EVA才有可能。
但是SEELE根本不可能同意这样的计划。这个神秘的人类组织是巴不得碇司令这边越来越好。他们根本不会去管这个神秘人的来历。只要对方能够拖碇源渡的后腿就行。毕竟NERV和SEELE双方根本上就是互相利用关系。而这本身也是仪式的一部分。第十三位圣徒犹大的堕落是必须的！撇过这些活在阴暗中的老头子们狗屁倒灶的事情，此时在MAGI中央电脑机房中，云启找到了大量有趣的资料。
虽然EVA的世界中，人类的总体科技也只是比云启现在的世界高了十多年，但是在军工科技和一些原理不明的黑科技上，EVA的世界甩了现实世界一个珠穆朗玛峰。
在拥有了浏览中央电脑MAGI全部资料的权限后，云启看到了很多不为人知的绝密信息。
例如第二次冲击，官方一直宣称第二次冲击是因为超大型陨石撞击南极洲，造成全球性的自然灾难。
甚至污染了整个地球海域，造成海洋生物大量灭绝。死亡人口超过二十亿！
但实际上，第二次冲击根本就不是什么陨石大碰撞，根据MAGI中央电脑记录的数据显示，第二次冲击是因为人类强行唤醒了第一使徒亚当后造成对方暴走，引起了史无前例的超大型冲击波。
不过这也能够从另外一个侧面看出来，真神级别的存在战斗力实在是爆表，一个沉睡了不知道多少年的第一使徒，仅仅是苏醒的时候吼了一下，就造成了星球级别的灾难，毁灭了半个地球生物圈。
根据第一使徒的战斗力倒推回去，云启发现自己对于真神的实际战斗力还是太过低估了。
真神也是份高下的，像之前遇到的毁灭者文明，对方的真神战斗力顶多只能算低阶神灵。而像第一使徒亚当的战斗力绝对能够媲美高阶神灵。至于真神之上，云启还完全没有概念。
而随后，中央电脑中记录的死海文书副本就引起了云启更大的猜测。
真正的死海文书被SEELE存在了一个绝密位置，现在他们能够看到的都只是影印本。
而SEELE这个神秘的国际性组织就是根据这个死海文书展开了人类补完计划。
根据死海文书的描述，只要消灭了所有使徒，让所有伪生命之果重新回归亚当，就能够诞生真生命果实。而那个时候，亚当也将摆脱使徒的身份，重新还原为最初的形态-真神。而一旦亚当完全苏醒，第二使徒莉莉丝也将回归。其原因就像圣经里所描述的一样，莉莉丝是用亚当的肋骨创造出来的，是亚当的一部分。亚当的苏醒必将让莉莉丝也苏醒过来。
至于人类补完计划则是为了让人类全体回归第二使徒莉莉丝。也就是说人类补完计划根本不是拯救人类，而是让人类去死！
当云启看到这个SEELE自导自演的计划后，不得不佩服这些疯子。想要自杀也不用拉上全人类吧，这跟宗教疯子有什么差别。
更为可笑的是，这个计划的目的居然是为了世界大同，人类平等。这些SEELE的掌控者们认为只有所有人类脱离了肉体的束缚，回归了莉莉丝，才能获得灵魂上的解脱，从而让人类之间消除隔阂，创造出一个人人平等，没有灾难和痛苦的天堂。
不得不说，这些老外的思想就是奇葩，明明就是死亡，偏偏被他们说的跟上天堂一样美妙。话说天堂美不美秒谁TM知道，知道的都在天堂里了！
撇过这些SEELE作死的人类补完计划，云启重点浏览起来自己感兴趣的关键信息。
在掌握了中央电脑所有阅读权限后，几项EVA世界特有的黑科技让云启大开眼界。
其中之一就是N2暴雷，这种号称没有污染的核武器非常适合在地表使用。威力强大，干净无污染。而且最有意思的是这种武器的威力上限可以和核武一样无限制的累加。
只要装弹量够大，威力可以无限制的提升。这种黑的没边的武器在原作中其实并不受重视，绝大时间只是被当做配角，体现出使徒的强大。但是云启明白，能够和核武一般无限叠加威力的N2暴雷，其使用价值不可限量。这是一种能够普及开来常规武器，能够极大的加强自己舰队的作战力量。而不用像核武一般，使用环境相当受限！
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